Епископ Винницкий

Через год после назначения его ректором академии последовал Указ, которым повелевалось ему быть епископом Винницким, викарием Каменец-Подольской епархии с оставлением в должности и ректора и назначением настоятелем Шаргородского Свято-Николаевского монастыря.

24 января 1851 г. совершилось наречение архим. Макария во епископа Винницкого, а 28 января - хиротония. Хиротонию совершал митр. Никанор.

В сане епископа преосвящ. Макарий поддерживал заведенные им самим в академии порядки и дисциплину. Путем ряда благоразумных мер он установил определенный и неизменный порядок студенческой жизни. Студенты не тяготились строгостью порядков, они любили своего начальника. Со слов самих студентов "более прямого, честного и откровенного начальника-педагога нельзя было представить". Никакая лесть, никакое угодничество, сверх прямого отношения к делу не были ему доступны".

Важное значение в деле воспитания студентов преосвящ. Макарий придавал церковному богослужению. Он принимал все меры к тому, чтобы богослужение в академической церкви сделать как можно более торжественным и при возможности сам старался участвовать в богослужении. И студенты всегда неленностно посещали церковные службы.

Много уделял внимания еп. Макарий организации и совершенствованию учебного процесса. Он сам подбирал преподавателей, часто посещал лекции, входил во все стороны студенческой жизни до мельчайших подробностей.

В 1853 г. при Петербургской духовной академии по указу Духовного учебного управления было создано специальное отделение по подготовке воспитанников для борьбы с раскольниками. Программа обучения для этого отделения была разработана ректором академии еп. Макарием.

Одной из постоянных забот еп. Макария по учебной части была его забота о возможном пополнении книгами академической библиотеки и о благоустройстве ее.

Много внимания уделял он улучшению материального положения как наставников академии, так и студентов.

Как профессор еп. Макарий преподавал помимо догматического богословия, историю русской церкви (1847-1849 гг.) и историю русского раскола (1853-1857 гг.).

Независимо от этого он исполнял и другие обязанности:

По общему признанию он во все время своего ректорства управлял Академией с редким успехом и великою славою.

Несмотря на такое разнообразие и сложность обязанностей, он находил время и для любимой научной работы. Петербургский период жизни оказался самым плодотворным и в этой области. В Петербурге им были изданы отдельными книгами 10 сочинений, из которых наиболее известны такие: "История Русской Церкви" и "Введение в православное богословие". За последнюю работу Макарий 31 октября 1847 г. получил степень доктора богословия. Кроме того, в виде журнальных статей за этот период вышло 14 сочинений.