Санкт-Петербургская духовная академия

Этот период имел большое значение для всей последующей жизни Макария. За 15 лет службы в С.-Петербургской духовной академии иером. Макарий создал себе репутацию общепризнанного русского богослова и церковного историка.

В Петербургской академии ему была поручена одна из важнейших кафедр - кафедра догматического богословия. Но кроме профессорской должности в течение 15-летнего своего служения в Петербургской дух. академии иером. Макарий исполнял целый ряд обязанностей. В 1842-1844 гг. он был помощником инспектора. В 1844 г. назначен инспектором и ординарным профессором С.-Петербургской духовной академии.

17 декабря 1844 г. митр. Антонием Макарий был возведен в сан архимандрита в Александро-Невской Лавре.

В должности профессора и инспектора академии он прослужил 7 лет (1844-1851), причем инспекторская деятельность архим. Макария имела столь же плодотворные результаты, как и профессорская его служба.

Академическое начальство высоко ценило труды и усердие архим. Макария и всегда содействовало продвижению его по службе. Сам же Макарий, благодаря своему глубокому благоговению никогда не тщеславился своими успехами, а искренне радовался им, считая их прямым следствием бесконечного милосердия Божия к нему.

В 1850 г. с переводом бывшего ректора С.-Петербургской академии преосвящ. Евсевия в Самару архим. Макарий был определен ректором СПб академии.