Преподавание в Киевской духовной академии

В июне 1841 г. он закончил курс академического образования со степенью магистра и был оставлен при академии преподавателем русской церковной и гражданской истории. В этой области ему пришлось поработать самостоятельно ввиду того, что указанной дисциплины в годы его обучения в академии не существовало. Лекции иером. Макария по истории русской церкви всегда отличались полнотой и стройностью плана, точностью в изложении событий, строгостью выводов и вместе с тем простотою изложения, что всегда вызывало в слушателях глубокий, живой интерес и внимание к его чтению.

Параллельно с преподаванием русской церковной истории иеромонах Макарий читал студентам XII курса академии русскую гражданскую историю, которую он преподавал также хорошо, как и церковную. Некоторые наиболее интересные его лекции студенты сохранили в памяти на всю свою жизнь.

За прекрасные лекции и за необыкновенно благородное обхождение со студентами, они платили ему искренним уважением и вниманием, какого не оказывали иным старейшим профессорам. Таким же уважением Макарий пользовался и среди своих сослуживцев.

В январе 1842 г. о. Макарий помимо своей основной деятельности в академии был временно назначен ректором Киево-Подольских духовных училищ. И с новой своей должностью он прекрасно справился, сочетая в себе выдающиеся умственные дарования с незаурядными способностями благоразумного и аккуратного администратора. За короткий период своего ректорства (всего 6 месяцев) Макарий успел сделать много доброго и полезного для благоустройства училищ в деле укрепления дисциплины, повышения экономического уровня вверенных ему училищ.

Загруженный до предела в академии и в училищах, иером. Макарий однако находил время заниматься проповедничеством.

Но недолго пришлось ему трудиться в родной академии. В августе 1842 г. он был переведен из Киевской академии в С.-Петербургскую.